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個人資料保護法於九十九年五月完成立法三讀，但行政院至今卻遲未公告施行日期，日前行政院及法務部遭在野黨團告發。不過，由於個人資料保護法部分條文引發爭議，導致其未上路就面臨修法困境。依個人資料保護法第６條第１項本文規定，特種個人資料，如醫療、性生活、健康檢查、犯罪前科等，縱取得當事人同意，亦不能蒐集、處理或利用，違者依同法第４１條第１項可處二年以下徒刑。

法務部認為，依個人資料保護法第６條第１項本文，將導致民眾到醫院做健康檢查結果的資料，縱使當事人同意，也不能拿到其他醫院使用。因此，法務部建議將該項規定修正為若基於公共利益，獲得當事人書面同意後，可蒐集、使用個資。此外，同法第５４條規定，過去間接蒐集所得、非由民眾自行提供的個資，需在個資法施行一年內告知民眾，金融等產業界對此反彈，認為該條規定期限太短，以銀行業發行信用卡為例，一年內難以告知六千萬人次的客戶。

因此，法務部也建議刪除個人資料保護法第５４條一年的告知期限，未來要使用或處理現有個資，只要事先告知當事人即可。參考該條規定，該法修正施行前非由當事人提供的個人資料，依同法第９條規定應於處理或利用前向當事人為告知者，應自該法修正施行日起一年內完成告知，逾期未告知而處理或利用者，以違反同法第９條規定論處。